João é considerado um dos mais importantes poetas líricos da literatura espanhola. As obras principais são quatro: Subida ao Monte Carmelo, Noite escura, Cântico espiritual e Chama de amor viva.
No Cântico espiritual, São João apresenta o caminho de purificação da alma, ou seja, a posse progressiva e jubilosa de Deus, até que a alma chegue a sentir que ama a Deus com o mesmo amor com que é por Ele amada. A Chama de amor viva continua nesta perspectiva, descrevendo mais pormenorizadamente o estado de união transformadora com Deus. A comparação utilizada por João é sempre a do fogo: assim como o fogo, quanto mais arde e consome a madeira, tanto mais se torna incandescente até se tornar chama, também o Espírito Santo, que durante a noite obscura purifica e «limpa» a alma, com o tempo ilumina-a e aquece-a como se fosse uma chama. A vida da alma é uma festa contínua do Espírito Santo, que deixa entrever a glória da união com Deus na eternidade.
A Subida ao Monte Carmelo apresenta o itinerário espiritual sob o ponto de vista da purificação progressiva da alma, necessária para escalar a montanha da perfeição cristã, simbolizada pelo cimo do Monte Carmelo. Tal purificação é proposta como um caminho que o homem empreende, colaborando com a obra divina, para libertar a alma de todo o apego ou afecto contrário à vontade de Deus. A purificação, que para alcançar a união com Deus deve ser total, começa a partir daquela da vida dos sentidos e continua com a que se alcança por meio das três virtudes teologais: fé, esperança e caridade, que purificam a intenção, a memória e a vontade. A Noite escura descreve o aspecto «passivo», ou seja, a intervenção de Deus neste processo de «purificação» da alma. Com efeito, o esforço humano sozinho é incapaz de chegar às profundas raízes das más inclinações e hábitos da pessoa: só os pode impedir, mas não consegue erradicá-los completamente. Para o fazer, é necessária a acção especial de Deus, que purifica radicalmente o espírito e o dispõe para a união de amor com Ele. São João define «passiva» tal purificação, precisamente porque, embora seja aceite pela alma, é realizada pela obra misteriosa do Espírito Santo que, como chama de fogo, consome toda a impureza. Neste estado, a alma é submetida a todo o tipo de provações, como se se encontasse numa noite obscura.
Estas indicações sobre as obras principais do santo ajudam-nos a aproximar-nos dos pontos salientes da sua vasta e profunda doutrina mística, cuja finalidade é descrever um caminho seguro para alcançar a santidade, a condição de perfeição à qual Deus chama todos nós.
Bento XVI