Nasceu em Fontiveros, perto de Ávila, em Espanha, em 1542. Entrou na Ordem do Carmo aos 21 anos de idade. Desde o início, tinha o grande desejo de levar uma vida mais austera, mais fiel à Regra de Santo Alberto. Uma conversa providencial com Teresa de Jesus impediu-o de sair da Ordem e fez com que se tornasse a pessoa chamada por Deus para iniciar a reforma do Carmelo masculino. No dia 28 de Novembro de 1568, em Duruelo, Frei João da Cruz inicia a primeira comunidade reformada de religiosos Carmelitas contemplativos.
João sofreu muito da parte dos seus próprios confrades que o prenderam em prisão domiciliária durante nove meses. Mas foram estes mesmos sofrimentos que o ajudaram a relativizar tudo em vista do absoluto de Deus e a aprofundar o sentido da vida. O resultado destas experiências, ele as comunicava nas suas meditações, nas inúmeras cartas e nos seus escritos: “Subida do Monte Carmelo”, “Noite Escura”, “Cântico Espiritual” e “Chama Viva de Amor” que, até hoje, estão entre os escritos mais lidos da mística.
Frei João da Cruz foi um grande místico contemplativo. Ele ensina-nos a relativizar as ideias e as imagens que temos de Deus. Deus é sempre maior do que tudo aquilo que a respeito dele pensamos ou afirmamos. João da Cruz ensina que a nossa segurança não pode estar nas nossas ideias sobre Deus, mas sim em Deus, Ele mesmo.